天博首个万份水稻群体变异图谱发布—新闻—科学网 来源：天博企业 发表时间: 2024-04-06

10月16日，中国农业科学院基因组研究所结合海南三亚崖州湾试验室、中国水稻研究所以及河南年夜学等单元于《核酸研究》上于线揭晓了全世界首个万份水稻群体变异图谱。

水稻是世界上最主要的食粮作物之一，其天然变异是基因改善以及现代育种的主要遗传根蒂�첩根基，是以广泛挖掘水稻种质群体中的富厚变异具备主要意思。最近几年来，罕见变异对于水稻性状的影响逐渐惹起器重，而罕见变异的鉴定依靠在一个充足重大的天然群体。是以，从更年夜范围的水稻群体中鉴定基因组天然变异，从中挖掘罕见变异及其潜于运用具备主要意思。

该研究联合构建的水稻超等泛基因组，对于一个包罗跨越一万份以上样本的水稻群体举行了群体程度最年夜的天然变异分型，构建了水稻超年夜范围的群体基因组变异数据集，这也是今朝最年夜范围的水稻天然变异数据资源。

此中包罗了跨越5400万个SNP、1100万个InDel以及18万个PAV变异位点，此中约90%为罕见变异。基在高品质的天然变异数据集，将一万份群体划分为14个亚群，改正了部门水稻籼粳分类上的过错；哄骗万份水稻群体变异，广泛阐发了主要功效基因于差别亚群中的群体频次以及富厚的等位基因型，鉴定了此中的优秀天然变异；这些成果进一步证明了其于水稻群体遗传阐发以及优秀基因挖掘研究中的运用潜力。

同时，成立了面向全世界用户的于线数据库平台RSPVM（http://www.ricesuperpir.com/web/rspvm），提供GWAS阐发、单倍型整合阐发、变异图谱阐发以及体系发育树阐发等多个经常使用功效，为水稻群体遗传学以及功效基因组学研究提供了新的主要遗传资源以及无力东西。

基因组所以及崖州湾试验室钱前院士以及研究员商连光为论文的配合通信作者，基因组所与河南年夜学联培硕士生王天依、基因组所贺文闯副研究员、玻士生李笑霞、客座硕士生张超为该论文配合第一作者。

相干论文信息：https://doi.org/10.1093/nar/gkad840

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